УДК 577.21:575.22:581.6 doi: 10.21498/25181017.20.1.2024.300137
Н. Е. Волкова
Інститут кліматично орієнтованого сільського господарства НААН України,
вул. Маяцька дорога, 24, смт Хлібодарське, Одеський рн, Одеська обл., 67667, Україна,
email: nataliia.volkova@icsanaas.com.ua
Мета. Проаналізувати сучасну ситуацію з поліпшенням сільськогосподарських культур технологіями редагування генів. Результати. Проаналізовано нинішню ситуацію зі створенням сортів рослин за допомогою технологій редагування генів. Натепер редагування геному застосовано до широкого спектра культур, зокрема пшениці, ячменю, кукурудзи, бобових, сої, ріпаку, томатів, цикорію, різних садових рослин, фруктових і лісових дерев, водоростей. Практичне впровадження цих технологій продемонстровано на прикладі генів, пов’язаних із забезпеченням толерантності до дії високих і низьких температур. Також наведено приклади комерціалізованих генноредагованих рослин. Висновки. Завдяки внеску в підвищення врожайності, стійкості проти хвороб і шкідників, а також біофортифікації продовольчих культур редагування генів має значні перспективи та, безумовно, є технологією, що дає змогу створювати поліпшені сорти сільськогосподарських рослин.
Ключові слова: редагування генів; транскрипційні фактори; мутагенез; температурний стрес.
Nataliia Volkova
http://orcid.org/0000000293334872
Вступ
В умовах погіршення клімату, швидкого зростання чисельності населення та експоненційно щораз більшого попиту на харчові продукти важливим є питання продовольчої безпеки в майбутньому [1]. Продовольча та сільськогосподарська організація ООН (англ. Food and Agriculture Organization, FAO) повсякчас закликає до колективних зусиль для модернізації агропродовольчої системи. Окрім цих перетворень, необхідно використовувати всі інструменти, за допомогою яких можна збільшити продуктові запаси та поліпшити харчування.
Вчені постійно розробляють нові підходи, методи та інструменти, щоб підвищити ефективність селекції рослин. Інновації в прецизійній селекції передбачають як цифрові (датчики, детектори та роботизовані пристрої), об’єднані з технологіями управління для точного й результативнішого керування системою виробництва, так і генетичні інструменти (нові методи молекулярної селекції для модифікації та редагування генів).
Мета цього огляду – проаналізувати сучасну ситуацію з поліпшенням сільськогосподарських культур технологіями редагування генів.
Результати
Генномодифіковані сільськогосподарські культури та вироблені з них харчові продукти використовують вже майже три десятиліття. Їхню безпечність оцінено різними науковими методами та не виявлено жодної шкоди, спричиненої їх вживанням. Редагування генів принципово відрізняється від генетичної модифікації, пов’язаної зі введенням «чужорідної» ДНК, яка не завжди може бути отримана з рослини й не утворюється природним способом. У процесі редагування генів невеликі цілеспрямовані зміни вносять до наявної ДНК, що спричиняє потенційно корисні постійні мутації, а результати, одержані внаслідок цього, можуть виникати й природно.
Історично генетичні дослідження головним чином зосереджували на ідентифікації та вивченні спонтанних мутацій, що відповідало принципам, встановленим Менделем, Евері та Морганом. У ХХ ст. продемонстровано, що швидкість мутагенезу можна збільшити за допомогою хімічного або радіаційного оброблення, так званого індукованого мутагенезу. Пізніше в деяких організмах стало можливим застосування методів транспозонних вставок. Однак технології індукованого мутагенезу призводять до модифікацій геному у випадкових місцях. У 1970–1980-х рр. досягнуто перших цілеспрямованих генетичних змін у дріжджів і мишей, втім використані методи, що спиралися, зокрема, на гомологічну рекомбінацію, були малоефективними. Пізніші прогресивні технології редагування генів дали змогу провадити планомірні генетичні маніпуляції майже в усіх типах клітин та організмів.
Завдяки нещодавнім здобуткам в інструментах редагування генів і високопродуктивному аналізі, а саме: секвенуванню ДНК, запровадженню сайт-спрямованих нуклеаз (англ. Site-Directed Nuclease, SDN), досягнуто модифікації геному з надзвичайною точністю та специфічністю. Детальний опис технологій редагування, а також поточного стану недавно розроблених інструментів генетичної інженерії для зміни генів рослин подано в оглядовій статті [2].
Редагування генів рослин щодо стійкості проти температурного стресу. Перед сільськогосподарським виробництвом завжди поставали біотичні та абіотичні виклики, але глобальна надзвичайна кліматична ситуація істотно збільшує ризик для виробництва продовольства [3]. Зменшення або втрата врожаю можуть бути спричинені швидким підвищенням та/чи зниженням температури за межами нормального діапазону, а також впливом неоптимальних температур протягом більш тривалих періодів. Температурний стрес перешкоджає фотосинтезу, впливає на колообіг і доступність поживних речовин, порушує синтез протеїнів та змінює функціональність різних ензимів, фітогормонів й інших сигнальних молекул.
Полігенну ознаку стійкості проти температурного стресу часто оцінюють через такі складні показники, як сформовані в його умовах врожайність та якість. Геномні бази даних та інструменти біоінформатики є основними джерелами інформації про гени та регуляторні елементи, пов’язані з температурним стресом. Але для розроблення стійких проти нього сортів все ще необхідна експериментальна перевірка цих генів за допомогою інструментів функціональної геноміки [4]. Методи редагування генів використовують як підхід до створення стресостійких сортів, а також для вивчення функції потенційних генів-кандидатів у відповідь на стресові умови [5].
Селекціонери використовували кілька підходів до створення термостійких рослин, зокрема традиційну та мутаційну селекцію, технологію рекомбінантної ДНК і редагування геному [6–8]. Застосовуючи підходи функціональної геноміки, виявили гени, пов’язані зі стійкістю проти температурного стресу. Протягом двох останніх десятиліть завдяки трансгенній селекції вдалося розробити сорти, що експресують гени, які забезпечують стійкість проти температурного стресу. Втім через громадське упередження, особливо в Європі, та інші проблеми доступу до ринку трансгенні культури впроваджують обмежено [9].
Толерантність до теплового стресу. Редагування генів, пов’язаних із забезпеченням стійкості проти підвищених температур, здійснено для таких культур, як рис, кукурудза, огірок, бавовник і томат.
Рис (Oryza sativa L.) є основною продовольчою культурою для понад половини населення світу. За оцінками, до 2030 року орієнтовно 16% рисових площ на стадії репродуктивного росту будуть зазнавати впливу фізіологічно високих температур [10]. Для редагування за допомогою техніки направленої інактивації гена або нокауту гена (англ. gene knockout) обрано гени транскрипційних факторів OsNAC127 та OsNAC129 [11], OsNTL3 [12], OsNAC006 [13], OsTMS5 [14] і ген розвитку хлоропластів Osheat stressA1 [15]. Отримані мутантні лінії під час теплового стресу продемонстрували кращий ріст, ніж у дикорослого рису, що свідчить про їхню здатність бути толерантними до високих температур.
Процес репродукції томата (Solanum lycopersicum L.) надзвичайно чутливий до теплового стресу, що перешкоджає цілорічному вирощуванню цієї культури. Для розроблення термостійких ліній партенокарпічних томатів здійснено нокаут гена MADS-Box SlAGAMOUS-LIKE 6 (SlAGL6) [16]. Мутантні лінії мали плоди нормального розміру без кісточок і життєздатний пилок за температури від 38 °C і вище. Також проведено редагування генів SlHyPRP1 (кодує пролін-збагачений протеїн) [17], SlMAPK3 та SlCPK28 (обидва кодують протеїнкіназу) [18, 19] і гена SlBZR1 транскрипційного фактора [20].
Кукурудза (Zea mays L.) – одна з чотирьох найважливіших культур світу. На її врожайність негативно впливають екстремальні температури, особливо посуха. Внаслідок редагування гена ZmCDPK7, що кодує протеїнкіназу [21], а також гена ZmTMS5 транскрипційного фактора [22] отримані мутантні лінії проявляли стійкість проти теплового стресу.
В огірка (Cucumis sativus L.) редаговано ген CsSPT транскрипційного фактора [23], в бавовнику (Gossypium spp.) – ген GhAOC2, що кодує ензим біосинтезу жасмонової кислоти [24].
Салат (Lactuca sativa L.) – сезонна культура, сприйнятлива до дії температур, які перевищують оптимальні. В сортах ‘Salinas’ і ‘Cobham Green’ проведено редагування гена LsNCED4, що кодує ензим біосинтезу абсцизової кислоти [25]. Мутантні лінії за температури 37 °C продемонстрували вищий діапазон відсотка проростання насіння (70%), як порівняти з рослинами дикого типу.
Редагування генів рослин щодо стійкості проти холодового стресу. Арабідопсіс (Arabidopsis thaliana L.) як модельну рослину широко використовують для дослідження молекулярних і фізіологічних механізмів адаптації та стійкості рослин проти холодового стресу. Для розуміння цих процесів здійснено редагування генів UGT79B2 та UGT79B3, що кодують глікозілтрансферази [26], а також CBF1, CBF2 та CBF3, які кодують транскрипційні фактори [27, 28].
Для сигналінгу та відповіді на холодовий стрес дуже чутливий до нього рис розвинув кілька шляхів з регуляторними транскрипційними факторами. Редаговано гени OsNAC050, OsMYB30, OsPIN5b та GS3, що кодують транскрипційні фактори [29, 30], OsPRP1, який кодує пролін-збагачений протеїн [31] та OsAnn3, що кодує кальційзалежний мембранний зв’язувальний протеїн [32].
Урожайність томатів значно залежить від дії низьких температур. Редаговано ген SlNPR1 – регулятор сигналінгу саліцилової кислоти – та SICBF1, що кодує фактори зв’язування C-повторів [33]. У картоплі (Solanum tuberosum L.) редаговано ген VInv синтезу інвертази [34], гени транскрипційних факторів VaPAT1 – у винограду (Vitis amurensis L.) [35], FvICE1 – у полуниці (Fragaria × ananassa) [36].
Отже, серед досліджених і редагованих значна кількість генів транскрипційних факторів, адже рослини реагують зміною експресії генів, що беруть участь у різних фізіологічних і біохімічних процесах після впливу низьких або високих температур.
Прикладом вже комерціалізованих генноредагованих рослинних продуктів є схвалені Міністерством сільського господарства США (англ. US Department of Agriculture, USDA) стійкі проти потемніння гриби [37], воскоподібна кукурудза зі значним вмістом амілопектину [38] та льон (Camelina sativa L.) з підвищеним вмістом олії омега-3 [39]. Перший генноредагований томат [сорт ‘Sicilian Rouge High GABA’ від компанії «Sanatech Seed» (Японія)] з високим рівнем гамма-аміномасляної кислоти, яка знижує артеріальний тиск, продають безпосередньо споживачам в Японії [40].
Генноредаговані культури, на відміну від генетично модифікованих, не містять трансгенів, а тому можуть бути більш прийнятними для суспільства. Однак ширшій комерціалізації сприятиме гармонізація процесу їх регулювання у різних країнах [41].
Досягнення та напрями подальшого поліпшення рослин за допомогою технологій редагування генів узагальнено в дорожній карті для редагування генів рослин [42].
Висновки
Створення генноредагованих рослин, толерантних до підвищення загальної температури й температурних коливань, які спричиняють зниження глобальної врожайності, сприяє зменшенню загроз для міжнародної продовольчої безпеки. Технології редагування генів також використовують для одержання менш сприйнятливих до патогенів рослин, надання нової специфічності наявним генам стійкості з метою відповідності патогенам, що еволюціонують, а також для безпосереднього націлювання та зміни ДНК патогенів. Натепер редагування геному застосовано до широкого спектра культур, зокрема пшениці, ячменю, кукурудзи, бобових, сої, ріпаку, томатів, цикорію, різних садових рослин, фруктових і лісових дерев, водоростей.
Завдяки внеску в підвищення врожайності, стійкості проти хвороб і шкідників, а також біофортифікації продовольчих культур редагування генів має значні перспективи та, безумовно, є технологією, що дає змогу створювати поліпшені сорти сільськогосподарських рослин.
References
UDC 577.21: 575.22: 581.6
Volkova, N. E. (2024). Geneedited plants: achievements and prospects (review). Plant Varieties Studying and Protection, 20(1), 00–00. https://doi.org/10.21498/25181017.20.1.2024.300137
Institute of ClimateSmart Agriculture, NAAS of Ukraine, 24 Maiatska doroha St., Khlibodarske village, Odesa district, Odesa region, 67667, Ukraine, email: nataliia.volkova@icsanaas.com.ua
Purpose. To analyze the current state of agricultural crop improvement using gene editing technologies. Results. The current state of plant breeding using gene editing technologies is analyzed. To date, genome editing has been applied to a wide range of crops, including wheat, barley, maize, legumes, soybean, rapeseed, tomato, chicory, various vegetable crops, fruit trees, forest trees and algae. The practical application of these technologies is illustrated by the example of genes associated with ensuring tolerance to high and low temperatures. Examples of commercialized geneedited plants are given. Conclusions. By contributing to increased yields, improved resistance to diseases and pests, and biofortification of food crops, gene editing technology undoubtedly has great prospects and is definitely already the technology for creating improved varieties of agricultural crops.
Keywords: gene editing; transcription factors; mutagenesis; temperature stress.
Надійшла / Received 01.03.2024
Погоджено до друку / Accepted 11.03.2024